Tive alguns problemas ao instalar o Java6 (1.6) no meu Ubuntu, baixei um binário no site da própria Sun e instalei. Nos programas onde eu podia apontar o diretório do javahome, como o Eclipse, não tive nenhum problema, mas os programas que detectam automaticamente a máquina virtual informavam que não havia JVM instalada, então alterei as variáveis de ambiente no /etc/bash.bashrc e nada de funcionar, apesar do Linux ter reconhecido a versão do Java como 1.6, ainda tentei usar o java-package, sem sucesso.
Encontrei a solução no próprio apt (santo apt), removi o Java que havia instalado manualmente e rodei o comando :
sudo apt-get install sun-java6-jre sun-java6-jdk
Se você não pretende programar em Java pode rodar o comando
sudo apt-get install sun-java6-jre
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